للكنائس الكاثوليكية بمصر محبة و صلة قوية بقداسة البابا شنودة الثالث، حيث كانت تجمعهم العديد من اللقاءات و الحوارات الكنائسية فشعر جميعهم أنه أب و راعى لهم و ليس لكنيسة الاقباط الارثوذكس فقط، فكانوا كثيراً من يستمعون أليه و يتشاورون مع قداسته فى القضايا الشائكة واثقين فى حكمة قداسته.
و قد شارك جميع مطارنة و أساقفة الكنائس السبع الكاثوليكية بمصر مراسم وداع مثلث الرحمات البابا شنودة، فقد حضر وقتها نيافة أنبا كيرلس وليم مدبر بطريركية الاقباط الكاثوليك بالنيابة عن غبطة الانبا أنطونيوس نجيب بطريرك الاقباط الكاثوليك و كاردينال الكنيسة الجامعة برياسة وفد من مطارنة الكنيسة، كما حضر المطران جورجيوس بكر مطران الروم الكاثوليك، المطران كريكور أوغسطينوس كوسا مطران الارمن الكاثوليك، المطران فرنسوا عيد مطران الموارنة الكاثوليك، المطران يوسف حنوش مطران السريان الكاثوليك و المطران فيليب نجم مطران الكلدان الكاثوليك و المطران عادل ذكى مطران اللاتين الشرقيين، كما جاء لمصر خصيصاً وقتها غبطة البطريرك غريغوريوس الثالث لحام بطريرك أنطاكية و الاسكندرية و سائر الشرق الاوسط للروم الملكيين الكاثوليك و غبطة البطريرك ماربشارة الراعى بطريرك الموارنة الكاثوليك الذى كان فى زيارته لمصر.
و مع توافد الالاف للمشاركة و مئات الوفود العالمية التى جاءت لمصر سعى كثيراً المجمع المقدس و لجنة مطارنة و أساقفة الكنيسة القبطية الارثوذكسية المسؤلة عن تنظيم صلاة جناز مثلث الرحمات البابا شنودة بالوصول لافضل صورة ممكنة تليق بوداع قداسة البابا، و مع عشرات الاوراق بالحاضرين سقت سهواً من نيافة أنبا بيشوى سكرتير المجمع المقدس بتقديم الشكر للكنيسة الكاثوليكية لتقديم واجب العزاء.
و قد نشرت بعدها المواقع الاخبارية و الجرائد غياب الكنيسة الكاثوليكية عن صلاة جناز البابا شنودة، و قد أتصل نيافة أنبا بيشوى مؤخراً بنيافة أنبا كيرلس وليم المدبر البطريركى للاقباط الكاثوليك و أعتذر له لعدم تقديم الشكر للكنيسة الكاثوليكية للحضور، و أكد نيافة أنبا كيرلس، للانبا بيشوى انه لا يوجد أعتذار بيننا فنحن كنيسة واحدة و لا شكر لتقديم واجب علينا ان نقدمه فأن البابا أب لكنائسنا كلها و نحن مازلنا حتى اليوم نستقبل العزاء من كل دول العالم بالكنيسة الكاثوليكية فى البابا شنودة.
الجدير بالذكر أن نيافة أنبا كيرلس وليم قام بالعديد من الاتصالات بجميع مطارنة الكنائس الكاثوليكية بمصر و دعاهم لحضور قداس الاربعين و قد أتفق نيافته على موعد واحد للتحرك سوياً "بالاتوبيس" من كاتدرائية العذراء مريم للاقباط الكاثوليك بمدينة نصر.
و فى حديث لـ"موقع وطنى" مع المطران فرنسوا عيد مطران الكنيسة المارونية الكاثوليكية في مصر والسودان قال:
منذ أربعين يوماً غادرنا البابا شنودة الثالث عائداً إلى بيت الآب، لكنه تركنا أيتاماً.
هذا البابا العظيم حّول كنيسته إلى كنيسة حّية يحيا فيها أساقفتها في قربى المحبّة من مؤمنيهم، وابناؤهم يوّدونهم بالاحترام، بحنان الرب وروحه المقّوي والمعزي.
أنا أسقف الموارنة في مصر والسودان منذ سنوات قليلة، رأيت خلالها هذا البابا الكبير متجرداً عن مجد هذه الدنيا كأنه راهب دائم. في رئاسته تغيرت خدمته الكنسية ولم تتغير حالته الرهبانية.
كنت اكتشف كل مرة ألتقيه حبه العميق لمصر وأهلها، كلِّ أهلها. لهذا كان يحتمل المصائب التيِ تحل بكنيسته بالصمت والصلاة والتسليم لارادة الله عاملاً على إخماد الفتن لأنه لا يريدها. لقد كان رجل سلام، لكن في الحق والمحبة !
ودعّناه بالحب والايمان ... فهو اليوم في الحياة الحقة، لا في ظلال الموت، يشفع بابنائه، بتشجّيعهم على التعالي فوق جراحهم لتظل مصر ارض السلام والمحبة والأخوّة كما عرفها هو وأرادها، وكما كانت دائماَ.
و فى حديث أخر مع نيافة المطران كريكور أوغسطينوس كوسا مطران الارمن الكاثوليك قال:
تعود إلى ذاكرتى زيارتى الاولى لقداسة البابا شنودة بعد أن وطأت قدماى أرض مصر لاتعرف عليه و على شخصيته و بنفس الوقت أعرفه على نفسى و كنيستى الارمنية و فى اللقاء الاول تكلمنا مطولاً عن الكنيسة الارمنية و خاصة ما يتعلق بعصور الاضطهاد التى مرت بها و عندما تحدثنا عن المجازر الارمنية التى المت الشعب الارمنى فى عام 1915 على ايدى العثمانيين الاتراك رأيت الدموع تنهمر من عينيه، و بصوت خافت و بشعور حزين بحنية الاب العطوف على ابنائه قال: بفضل دم الشهداء كنائسنا نحن نعيش و من اجل سفك دمهم علينا ان نتابع الطريق و نحافظ على الايمان.. و أضاف قائلاً: ربنا موجود و سيحافظ علينا.. لم أنسى زيارتى له .. فرحل عنا و لكنه يكمل صلاته من اجلنا و من اجل مصر من السموات.
و فى حوار مع المطران يوسف حنوش مطران السريان الكاثوليك قال:
إن البابا شنودة هو أب و راعى لكل كنائس مصر، فكنت أرى فيه الاب الحزين على أولاده المضطهدين و عيونه الباكية عن شهداء كنيسته، و برغم ذلك كنت أرى فيه الاب الحاكيم الذى يحافظ على بيته و أولاده.
فهو البابا الروحى فسلك بحسب الكتاب المقدس، هو البابا الراهب الذى حمل الرهبنه فى بطريركته فعاش راهب و أحدث نهضة رهبانية متميزة فى مصر و المهجر.
و لا ننسى لقداسته محبته لكنائسنا الكاثوليكية و علاقات المحبة التى كان يعقدها فى حواراته الاهوتية.