من السابق يتضح لك ان الاقباط موجودين في مدينة طيبة منذ قديم الزمان وكثير من مؤلفي الكتب  اختلفوا في تاريخ نشأة الدير وان هذه المعلومات التي سوف نذكرها مأخوذة من جريدة المصور علي لسان المتنيح القمص متي باسيلي ويوجد بهذه الجريدة النادرة صور للقديس ابونا متي وحواره ..ويذكر ابونا متي ان الدير تم بناءه بواسطة الملكة هيلانة في القرن الرابع الميلادي وبنيت داخله علي مر العصور خمسة كنائس لخمسة قديسين ,كل منها عبارة عن حجرة صغيرة جدرانها بلون النبيذ منقوش عليها صلبان بلون الذهب وفي كل حائط تلمح تحت الطلاء نقوشاً فرعونية ورومانية ...بصمات الحضارات التي عاشتها مصر خلال خمسون قرناًًً من الزمان ..