الكنيسة مستطيلة الشكل مساحتها 20*24 متر تقريباً ومبنية بالطوب اللبن ومسقوفة جميعها بالقباب من الداخل تحمل القباب عقود نصف دائرية قليلة الارتفاع(1,75م) ويتكون سقف الكنيسة من 17 قبة بها بعض الثقوب للانارة ترتكز علي اعمدة من الحجر الرملي علي الطراز الروماني قد اعُيد استخدامها حيث انها منقولة من المعابد المصرية القديمة الفرعونية (مؤخرة الاعمدة وزخرفتها تؤكد انها من العصور القديمة)...يوجد بالكنيسة خمسة هياكل ..ثلاث هياكل قبلية وهم هيكل الملاك ميخائيل ,هيكل الشهيد اقلوديوس,هيكل الشهيد تاوضروس ويمثلوا الجزء القديم من الكنيسة وقد اضُيف هيكلان بحريان وهم هيكل السيدة العزراء وهيكل الشهيد مارجرجس الذي يعتبر احدث الهياكل نسبياً حيث تمت اضافته عام 1962م..ويوجد بالكنيسة بعض من الزخارف الفرعونية علي احجار مأخوذة من المعابد المصرية وبعض الزخارف القبطية ومجموعة من الصلبان المختلفة الشكل والمحفورة علي حجر يعلو مدخل الهيكل الاوسط ..ان وجود سلسلة القباب والثلاث اعمدة الرومانية هو مايوضح تاريخ بناء الدير في العصر الروماني .....لون الحوائط الاثاثي للدير اللون المحمر واللون الموجود حالياًهو اللون الاصفر حيث تم طلاءه حديثاً.....
يعتبر الدير من اقدم واهم الاديرة في صعيد مصر حيث انه ذُكر في العديد من المخطوطات ودليل الكنائس حيث انه تم ذكر الدير في دفتر سجل الكنائس الي عمل سنة 1603,1609 للشهداء الموافق 1887,1893م وهو محفوظ بالبطرخانة بالازبكية بالقاهرة .
| 
