رغم التقرير الذي قدمته اللجنة الثلاثية التي كلفت من المجمع المقدس لبحث مشكلة دير ابو مقار بوادى النطرون إلا أن المجمع لم يحسم أمره وقال نيافة أنبا بولا أن الدير كان يتبع البابا شنوده الثالث بعد استقالة الانبا ميخائيل في عام 2009 لظروف خاصة وبعد رحيل البابا يصبح الدير تحت إشراف القائم مقام الانبا باخوميوس وله الحق في الاستعانة بمن يشاء في إدارة شئون الدير وأن اللجنة والتى يرأسها الانبا هدرا اسقف اسوان والانبا متاؤس اسقف دير السريان والانبا يسطس اسقف دير الانبا انطونيوس سوف تشرف على الدير لحين اصدار قرار نهائى لإدارته وحول ما تقدم به عدد من رهبان الدير بطلب عودة الانبا ميخائيل للاشراف، أوضح أنبا بولا أن الأنبا ميخائيل شيخ المطارنة وبركة الكنيسة ولا يوجد صراع أو منافسة على إدارة الدير والأمر الآن في يد نيافة أنبا باخوميوس القائم مقام .
الجدير بالذكر أن مشكلة دير أبو مقار بدأت في التصاعد بعد أن وقع الرهبان على طلب بعودة الانبا ميخائيل للاشراف على الدير في الوقت الذي رفض فيه عدد قليل من الرهبان عودته فتم تشكيل لجنة ثلاثية لبحث مشكلاته. وكان المجمع المقدس انتهى في اجتماعه الالتزام ببنود اللائحة أن يكون عمر الناخب 35 عاما ومن يتمتع بسيرة جيدة ويمتاز بخدمته للوطن والكنيسة, وله صحيفة جنائية نظيفة أى لم يسبق إتهامه بأية جناية وتم إعلان الفئات التي لها حق الانتخاب .
وأضاف أن شروط المرشح للبابوية أن يكون عمره يزيد عن 40 عاما وراهب منذ أكثر من 15 سنة, وأن يكون راهبا أو أسقفا أو مطرانا, وأن يكون له سجل جيد فى خدمة الكنيسة والوطن.
